Voyager vers et depuis Jalisco est pratique grâce à la présence de plusieurs aéroports dans l'État. Les principaux aéroports de Jalisco sont :
Aéroport International de Guadalajara (GDL) : Situé à Guadalajara, la capitale de Jalisco, c'est le plus grand et le plus fréquenté de l'État. Il propose des vols nationaux et internationaux vers des destinations à travers le Mexique, l'Amérique du Nord, ainsi que certaines villes d'Amérique Centrale et d'Amérique du Sud.
Aéroport International de Puerto Vallarta (PVR) : Situé à Puerto Vallarta, le long de la côte pacifique de Jalisco, cet aéroport constitue une porte d'entrée majeure vers les destinations touristiques populaires de la région. Il propose des vols nationaux et internationaux vers des villes au Mexique, aux États-Unis, au Canada et en Europe.