L'aéroport international de Querétaro (QRO) est la principale porte d'entrée de la ville et de la région environnante. Situé à environ 32 kilomètres (20 miles) au nord-est du centre-ville de Querétaro, cet aéroport moderne propose des vols intérieurs et internationaux vers diverses destinations. Des compagnies aériennes telles qu'Aeroméxico, Volaris, Interjet et VivaAerobus proposent des vols réguliers vers les principales villes du Mexique, notamment Mexico, Monterrey, Cancún et Guadalajara. En outre, l'aéroport propose des liaisons internationales vers des villes des États-Unis, telles que Houston et Dallas.