L'aéroport international de Querétaro (QRO) est la principale porte d'entrée de la ville et de ses environs. Situé à environ 32 kilomètres au nord-est du centre-ville de Querétaro, cet aéroport moderne propose des vols nationaux et internationaux vers diverses destinations. Des compagnies aériennes telles qu'Aeroméxico, Volaris, Interjet et VivaAerobus assurent des vols réguliers vers les grandes villes du Mexique, notamment Mexico, Monterrey, Cancún et Guadalajara. De plus, l'aéroport offre des connexions internationales vers des villes aux États-Unis, telles que Houston et Dallas.